User:Sbliven/Sandbox
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Pymol Inclusion
Direct:
"""
DESCRIPTION:
Given a sequence/regex to find, select those
matching amino acids in the protein.
USAGE:
findseq needle, haystack[, selName[, het[, firstOnly]]]
PARAMS:
needle (string)
the sequence of amino acids to match and select
in the haystack. This can be a sequence of amino
acids, or a string-style regular expression. See
examples.
haystack (string or PyMOL selection)
name of the PyMOL object/selection in which
to find the needle.
selName (string; defaults to None)
This is the name of the selection to return. If selName
is left blank (None), then the selection name will be
foundSeqXYZ where XYZ is some random number; if selName is
"sele" the usual PyMOL "(sele)" will be used; and, lastly,
if selName is anything else, that name will be used verbatim.
het (0 or 1; defaults to 0)
This boolean flag allows (1) or disallows (0) heteroatoms
from being considered.
firstOnly (0 or 1; defaults to 0)
Subsequences or motifs might be repeated, this controls how we
consider multiple matches. If firstOnly is False (0) then we return
all found subsequences; if firstOnly is True (1), then we just return
the first found sequence.
RETURNS:
a newly created selection with the atoms you sought. If there are
more than two contiguous regions, then a newly created group is
returned with each contiguous segment its own selection.
EXAMPLE:
# find SPVI in 1h12, foundSeqXYZ as return name
findseq SPVI, 1h12
# find FATEW and make it (sele).
findseq FATEW, 1g01, sele
# find the regular expression GMS.*QWY in 1a3h
# and put the return value in (sele).
fetch 1a3h
# this ends up finding the sequence, GMSSHGLQWY
findseq GMS.*QWY, 1a3h, sele
# find the Potential N-linked glycosylation sites in 5fyj
fetch 5fyj
findseq N(?=[^P][ST]), 5fyj and chain G+B, 5fyj_pngs
NOTES:
Assumes we're using the ONE LETTER amino acid abbreviations.
AUTHOR:
Jason Vertrees, 2009.
"""
from pymol import cmd
import re
import types
import random
def findseq(needle, haystack, selName=None, het=0, firstOnly=0):
"""USAGE:
findseq needle, haystack[, selName[, het[, firstOnly]]]
"""
# set the name of the selection to return.
if selName == None:
rSelName = "foundSeq" + str(random.randint(0, 32000))
selName = rSelName
elif selName == "sele":
rSelName = "sele"
else:
rSelName = selName
# input checking
if not checkParams(needle, haystack, selName, het, firstOnly):
print("There was an error with a parameter. Please see")
print("the above error message for how to fix it.")
return None
one_letter = {
'00C': 'C', '01W': 'X', '0A0': 'D', '0A1': 'Y', '0A2': 'K',
'0A8': 'C', '0AA': 'V', '0AB': 'V', '0AC': 'G', '0AD': 'G',
'0AF': 'W', '0AG': 'L', '0AH': 'S', '0AK': 'D', '0AM': 'A',
'0AP': 'C', '0AU': 'U', '0AV': 'A', '0AZ': 'P', '0BN': 'F',
'0C ': 'C', '0CS': 'A', '0DC': 'C', '0DG': 'G', '0DT': 'T',
'0G ': 'G', '0NC': 'A', '0SP': 'A', '0U ': 'U', '0YG': 'YG',
'10C': 'C', '125': 'U', '126': 'U', '127': 'U', '128': 'N',
'12A': 'A', '143': 'C', '175': 'ASG', '193': 'X', '1AP': 'A',
'1MA': 'A', '1MG': 'G', '1PA': 'F', '1PI': 'A', '1PR': 'N',
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'23S': 'X', '26B': 'T', '2AD': 'X', '2AG': 'G', '2AO': 'X',
'2AR': 'A', '2AS': 'X', '2AT': 'T', '2AU': 'U', '2BD': 'I',
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'3AR': 'X', '3CF': 'F', '3DA': 'A', '3DR': 'N', '3GA': 'A',
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'PYY': 'N', 'QLG': 'QLG', 'QUO': 'G', 'R ': 'A', 'R1A': 'C',
'R1B': 'C', 'R1F': 'C', 'R7A': 'C', 'RC7': 'HYG', 'RCY': 'C',
'RIA': 'A', 'RMP': 'A', 'RON': 'X', 'RT ': 'T', 'RTP': 'N',
'S1H': 'S', 'S2C': 'C', 'S2D': 'A', 'S2M': 'T', 'S2P': 'A',
'S4A': 'A', 'S4C': 'C', 'S4G': 'G', 'S4U': 'U', 'S6G': 'G',
'SAC': 'S', 'SAH': 'C', 'SAR': 'G', 'SBL': 'S', 'SC ': 'C',
'SCH': 'C', 'SCS': 'C', 'SCY': 'C', 'SD2': 'X', 'SDG': 'G',
'SDP': 'S', 'SEB': 'S', 'SEC': 'A', 'SEG': 'A', 'SEL': 'S',
'SEM': 'X', 'SEN': 'S', 'SEP': 'S', 'SER': 'S', 'SET': 'S',
'SGB': 'S', 'SHC': 'C', 'SHP': 'G', 'SHR': 'K', 'SIB': 'C',
'SIC': 'DC', 'SLA': 'P', 'SLR': 'P', 'SLZ': 'K', 'SMC': 'C',
'SME': 'M', 'SMF': 'F', 'SMP': 'A', 'SMT': 'T', 'SNC': 'C',
'SNN': 'N', 'SOC': 'C', 'SOS': 'N', 'SOY': 'S', 'SPT': 'T',
'SRA': 'A', 'SSU': 'U', 'STY': 'Y', 'SUB': 'X', 'SUI': 'DG',
'SUN': 'S', 'SUR': 'U', 'SVA': 'S', 'SVX': 'S', 'SVZ': 'X',
'SYS': 'C', 'T ': 'T', 'T11': 'F', 'T23': 'T', 'T2S': 'T',
'T2T': 'N', 'T31': 'U', 'T32': 'T', 'T36': 'T', 'T37': 'T',
'T38': 'T', 'T39': 'T', 'T3P': 'T', 'T41': 'T', 'T48': 'T',
'T49': 'T', 'T4S': 'T', 'T5O': 'U', 'T5S': 'T', 'T66': 'X',
'T6A': 'A', 'TA3': 'T', 'TA4': 'X', 'TAF': 'T', 'TAL': 'N',
'TAV': 'D', 'TBG': 'V', 'TBM': 'T', 'TC1': 'C', 'TCP': 'T',
'TCQ': 'X', 'TCR': 'W', 'TCY': 'A', 'TDD': 'L', 'TDY': 'T',
'TFE': 'T', 'TFO': 'A', 'TFQ': 'F', 'TFT': 'T', 'TGP': 'G',
'TH6': 'T', 'THC': 'T', 'THO': 'X', 'THR': 'T', 'THX': 'N',
'THZ': 'R', 'TIH': 'A', 'TLB': 'N', 'TLC': 'T', 'TLN': 'U',
'TMB': 'T', 'TMD': 'T', 'TNB': 'C', 'TNR': 'S', 'TOX': 'W',
'TP1': 'T', 'TPC': 'C', 'TPG': 'G', 'TPH': 'X', 'TPL': 'W',
'TPO': 'T', 'TPQ': 'Y', 'TQQ': 'W', 'TRF': 'W', 'TRG': 'K',
'TRN': 'W', 'TRO': 'W', 'TRP': 'W', 'TRQ': 'W', 'TRW': 'W',
'TRX': 'W', 'TS ': 'N', 'TST': 'X', 'TT ': 'N', 'TTD': 'T',
'TTI': 'U', 'TTM': 'T', 'TTQ': 'W', 'TTS': 'Y', 'TY2': 'Y',
'TY3': 'Y', 'TYB': 'Y', 'TYI': 'Y', 'TYN': 'Y', 'TYO': 'Y',
'TYQ': 'Y', 'TYR': 'Y', 'TYS': 'Y', 'TYT': 'Y', 'TYU': 'N',
'TYX': 'X', 'TYY': 'Y', 'TZB': 'X', 'TZO': 'X', 'U ': 'U',
'U25': 'U', 'U2L': 'U', 'U2N': 'U', 'U2P': 'U', 'U31': 'U',
'U33': 'U', 'U34': 'U', 'U36': 'U', 'U37': 'U', 'U8U': 'U',
'UAR': 'U', 'UCL': 'U', 'UD5': 'U', 'UDP': 'N', 'UFP': 'N',
'UFR': 'U', 'UFT': 'U', 'UMA': 'A', 'UMP': 'U', 'UMS': 'U',
'UN1': 'X', 'UN2': 'X', 'UNK': 'X', 'UR3': 'U', 'URD': 'U',
'US1': 'U', 'US2': 'U', 'US3': 'T', 'US5': 'U', 'USM': 'U',
'V1A': 'C', 'VAD': 'V', 'VAF': 'V', 'VAL': 'V', 'VB1': 'K',
'VDL': 'X', 'VLL': 'X', 'VLM': 'X', 'VMS': 'X', 'VOL': 'X',
'X ': 'G', 'X2W': 'E', 'X4A': 'N', 'X9Q': 'AFG', 'XAD': 'A',
'XAE': 'N', 'XAL': 'A', 'XAR': 'N', 'XCL': 'C', 'XCP': 'X',
'XCR': 'C', 'XCS': 'N', 'XCT': 'C', 'XCY': 'C', 'XGA': 'N',
'XGL': 'G', 'XGR': 'G', 'XGU': 'G', 'XTH': 'T', 'XTL': 'T',
'XTR': 'T', 'XTS': 'G', 'XTY': 'N', 'XUA': 'A', 'XUG': 'G',
'XX1': 'K', 'XXY': 'THG', 'XYG': 'DYG', 'Y ': 'A', 'YCM': 'C',
'YG ': 'G', 'YOF': 'Y', 'YRR': 'N', 'YYG': 'G', 'Z ': 'C',
'ZAD': 'A', 'ZAL': 'A', 'ZBC': 'C', 'ZCY': 'C', 'ZDU': 'U',
'ZFB': 'X', 'ZGU': 'G', 'ZHP': 'N', 'ZTH': 'T', 'ZZJ': 'A'}
# remove hetero atoms (waters/ligands/etc) from consideration?
if het:
cmd.select("__h", "br. " + haystack)
else:
cmd.select("__h", "br. " + haystack + " and not het")
# get the AAs in the haystack
aaDict = {'aaList': []}
cmd.iterate("(name ca) and __h", "aaList.append((resi,resn,chain))", space=aaDict)
IDs = [x[0] for x in aaDict['aaList']]
AAs = ''.join([one_letter[x[1]] for x in aaDict['aaList']])
chains = [x[2] for x in aaDict['aaList']]
reNeedle = re.compile(needle.upper())
it = reNeedle.finditer(AAs)
# make an empty selection to which we add residues
cmd.select(rSelName, 'None')
for i in it:
(start, stop) = i.span()
# we found some residues, which chains are they from?
i_chains = chains[start:stop]
# are all residues from one chain?
if len(set(i_chains)) != 1:
# now they are not, this match is not really a match, skip it
continue
chain = i_chains[0]
# Only apply chains to selection algebra if there are defined chains.
if chain:
cmd.select(rSelName, rSelName + " or (__h and i. " + '+'.join(IDs[ii] for ii in range(start, stop)) + " and c. " + chain + " )")
else:
cmd.select(rSelName, rSelName + " or (__h and i. " + '+'.join(IDs[ii] for ii in range(start, stop)) + ")")
if int(firstOnly):
break
cmd.delete("__h")
return rSelName
cmd.extend("findseq", findseq)
cmd.findseq = findseq
cmd.auto_arg[1]['findseq'] = [ cmd.object_sc, 'object', '']
cmd.auto_arg[2]['findseq'] = [lambda: cmd.Shortcut(['het=1','firstOnly=1']), 'params', '']
cmd.auto_arg[3]['findseq'] = [lambda: cmd.Shortcut(['het=1','firstOnly=1']), 'params', '']
def checkParams(needle, haystack, selName, het, firstOnly):
"""
This is just a helper function for checking the user input
"""
# check Needle
if len(needle) == 0 or not cmd.is_string(needle):
print("Error: Please provide a string 'needle' to search for.")
print("Error: For help type 'help motifFinder'.")
return False
# check Haystack
if len(haystack) == 0 or not cmd.is_string(haystack):
print("Error: Please provide valid PyMOL object or selection name")
print("Error: in which to search.")
print("Error: For help type 'help motifFinder'.")
return False
# check het
try:
het = bool(int(het))
except ValueError:
print("Error: The 'het' parameter was not 0 or 1.")
return False
# check first Only
try:
firstOnly = bool(int(het))
except ValueError:
print("Error: The 'firstOnly' parameter was not 0 or 1.")
return False
# check selName
if not cmd.is_string(selName):
print("Error: selName was not a string.")
return False
return True
Through Template: ERROR in secure-include.php: could not read the given src URL https://raw.github.com/Pymol-Scripts/Pymol-script-repo/master/{{{1}}}
This code has been put under version control in the project Pymol-script-repo.