Difference between revisions of "Settings"

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   ray_blend_red                  wizard_prompt_mode           
 
   ray_blend_red                  wizard_prompt_mode           
 
   ray_color_ramps                wrap_output                   
 
   ray_color_ramps                wrap_output                   
parser: matching setting:
 
  active_selections              ray_default_renderer       
 
  all_states                    ray_direct_shade           
 
  ambient                        ray_hint_camera             
 
  angle_label_position          ray_hint_shadow             
 
  angle_size                    ray_improve_shadows         
 
  animation                      ray_interior_color         
 
  animation_duration            ray_interior_mode           
 
  antialias                      ray_interior_reflect       
 
  async_builds                  ray_interior_shadows       
 
  atom_name_wildcard            ray_interior_texture       
 
  auto_classify_atoms            ray_legacy_lighting         
 
  auto_color                    ray_max_passes             
 
  auto_dss                      ray_opaque_background       
 
  auto_hide_selections          ray_orthoscopic             
 
  auto_indicate_flags            ray_oversample_cutoff       
 
  auto_number_selections        ray_pixel_scale             
 
  auto_remove_hydrogens          ray_shadow                 
 
  auto_sculpt                    ray_shadow_decay_factor     
 
  auto_show_lines                ray_shadow_decay_range     
 
  auto_show_nonbonded            ray_shadow_fudge           
 
  auto_show_selections          ray_shadows                 
 
  auto_show_spheres              ray_texture                 
 
  auto_zoom                      ray_texture_settings       
 
  backface_cull                  ray_trace_depth_factor     
 
  batch_prefix                  ray_trace_disco_factor     
 
  bg_rgb                        ray_trace_fog               
 
  bonding_vdw_cutoff            ray_trace_fog_start         
 
  button_mode                    ray_trace_frames           
 
  button_mode_name              ray_trace_gain             
 
  cache_display                  ray_trace_mode             
 
  cache_frames                  ray_trace_slope_factor     
 
  cache_memory                  ray_transparency_contrast   
 
  cartoon_color                  ray_transparency_shadows   
 
  cartoon_cylindrical_helices    ray_transparency_spec_cut   
 
  cartoon_debug                  ray_transparency_specular   
 
  cartoon_discrete_colors        ray_triangle_fudge         
 
  cartoon_dumbbell_length        reflect                     
 
  cartoon_dumbbell_radius        reflect_power               
 
  cartoon_dumbbell_width        retain_order               
 
  cartoon_fancy_helices          ribbon_color               
 
  cartoon_fancy_sheets          ribbon_nucleic_acid_mode   
 
  cartoon_flat_cycles            ribbon_power               
 
  cartoon_flat_sheets            ribbon_power_b             
 
  cartoon_helix_radius          ribbon_radius               
 
  cartoon_highlight_color        ribbon_sampling             
 
  cartoon_ladder_color          ribbon_side_chain_helper   
 
  cartoon_ladder_mode            ribbon_smooth               
 
  cartoon_ladder_radius          ribbon_throw               
 
  cartoon_loop_cap              ribbon_trace_atoms         
 
  cartoon_loop_quality          ribbon_width               
 
  cartoon_loop_radius            robust_logs                 
 
  cartoon_nucleic_acid_color    rock_delay                 
 
  cartoon_nucleic_acid_mode      roving_byres               
 
  cartoon_oval_length            roving_cartoon             
 
  cartoon_oval_quality          roving_delay               
 
  cartoon_oval_width            roving_detail               
 
  cartoon_power                  roving_isomesh             
 
  cartoon_power_b                roving_isosurface           
 
  cartoon_putty_quality          roving_labels               
 
  cartoon_putty_radius          roving_lines               
 
  cartoon_putty_range            roving_map1_level           
 
  cartoon_putty_scale_max        roving_map1_name           
 
  cartoon_putty_scale_min        roving_map2_level           
 
  cartoon_putty_scale_power      roving_map2_name           
 
  cartoon_rect_length            roving_map3_level           
 
  cartoon_rect_width            roving_map3_name           
 
  cartoon_refine                roving_nb_spheres           
 
  cartoon_refine_normals        roving_nonbonded           
 
  cartoon_refine_tips            roving_origin               
 
  cartoon_ring_color            roving_origin_z             
 
  cartoon_ring_finder            roving_origin_z_cushion     
 
  cartoon_ring_mode              roving_polar_contacts       
 
  cartoon_ring_radius            roving_polar_cutoff         
 
  cartoon_ring_transparency      roving_ribbon               
 
  cartoon_ring_width            roving_selection           
 
  cartoon_round_helices          roving_spheres             
 
  cartoon_sampling              roving_sticks               
 
  cartoon_side_chain_helper      scene_animation             
 
  cartoon_smooth_cycles          scene_animation_duration   
 
  cartoon_smooth_first          scene_current_name         
 
  cartoon_smooth_last            scene_loop                 
 
  cartoon_smooth_loops          scene_restart_movie_delay   
 
  cartoon_throw                  scenes_changed             
 
  cartoon_trace_atoms            sculpt_angl_weight         
 
  cartoon_transparency          sculpt_auto_center         
 
  cartoon_tube_cap              sculpt_avd_excl             
 
  cartoon_tube_quality          sculpt_avd_gap             
 
  cartoon_tube_radius            sculpt_avd_range           
 
  cavity_cull                    sculpt_avd_weight           
 
  cgo_dot_radius                sculpt_bond_weight         
 
  cgo_dot_width                  sculpt_field_mask           
 
  cgo_line_radius                sculpt_hb_overlap           
 
  cgo_line_width                sculpt_hb_overlap_base     
 
  cgo_ray_width_scale            sculpt_line_weight         
 
  cgo_sphere_quality            sculpt_max_max             
 
  cgo_transparency              sculpt_max_min             
 
  clamp_colors                  sculpt_max_scale           
 
  connect_bonded                sculpt_max_weight           
 
  connect_cutoff                sculpt_memory               
 
  connect_mode                  sculpt_min_max             
 
  coulomb_cutoff                sculpt_min_min             
 
  coulomb_dielectric            sculpt_min_scale           
 
  coulomb_units_factor          sculpt_min_weight           
 
  cull_spheres                  sculpt_nb_interval         
 
  dash_gap                      sculpt_plan_weight         
 
  dash_length                    sculpt_pyra_weight         
 
  dash_radius                    sculpt_tors_tolerance       
 
  dash_round_ends                sculpt_tors_weight         
 
  dash_width                    sculpt_tri_max             
 
  debug_pick                    sculpt_tri_min             
 
  defer_builds_mode              sculpt_tri_mode             
 
  defer_updates                  sculpt_tri_scale           
 
  depth_cue                      sculpt_tri_weight           
 
  dihedral_label_position        sculpt_vdw_scale           
 
  dihedral_size                  sculpt_vdw_scale14         
 
  direct                        sculpt_vdw_vis_max         
 
  dist_counter                  sculpt_vdw_vis_mid         
 
  distance_exclusion            sculpt_vdw_vis_min         
 
  dot_color                      sculpt_vdw_vis_mode         
 
  dot_density                    sculpt_vdw_weight           
 
  dot_hydrogens                  sculpt_vdw_weight14         
 
  dot_lighting                  sculpting                   
 
  dot_mode                      sculpting_cycles           
 
  dot_normals                    secondary_structure         
 
  dot_radius                    security                   
 
  dot_solvent                    sel_counter                 
 
  dot_width                      selection_overlay           
 
  draw_frames                    selection_round_points     
 
  editor_auto_dihedral          selection_visible_only     
 
  editor_auto_origin            selection_width             
 
  editor_label_fragments        selection_width_max         
 
  fast_idle                      selection_width_scale       
 
  fetch_path                    seq_view                   
 
  field_of_view                  seq_view_alignment         
 
  fit_iterations                seq_view_color             
 
  fit_tolerance                  seq_view_discrete_by_state 
 
  float_labels                  seq_view_fill_char         
 
  fog                            seq_view_fill_color         
 
  fog_start                      seq_view_format             
 
  frame                          seq_view_label_color       
 
  full_screen                    seq_view_label_mode         
 
  gamma                          seq_view_label_spacing     
 
  gaussian_b_adjust              seq_view_label_start       
 
  gaussian_b_floor              seq_view_location           
 
  gaussian_resolution            seq_view_overlay           
 
  gl_ambient                    seq_view_unaligned_color   
 
  h_bond_cone                    seq_view_unaligned_mode     
 
  h_bond_cutoff_center          session_file               
 
  h_bond_cutoff_edge            session_migration           
 
  h_bond_exclusion              session_version_check       
 
  h_bond_max_angle              shininess                   
 
  h_bond_power_a                show_alpha_checker         
 
  h_bond_power_b                show_progress               
 
  half_bonds                    simplify_display_lists     
 
  hash_max                      single_image               
 
  hide_underscore_names          slice_dynamic_grid         
 
  idle_delay                    slice_dynamic_grid_resolution
 
  ignore_case                    slice_grid                 
 
  ignore_pdb_segi                slice_height_map           
 
  image_dots_per_inch            slice_height_scale         
 
  internal_feedback              slice_track_camera         
 
  internal_gui                  slow_idle                   
 
  internal_gui_control_size      smooth_color_triangle       
 
  internal_gui_mode              solvent_radius             
 
  internal_gui_width            spec_count                 
 
  internal_prompt                spec_direct                 
 
  isomesh_auto_state            spec_direct_power           
 
  label_color                    spec_power                 
 
  label_font_id                  spec_reflect               
 
  label_outline_color            specular                   
 
  label_position                specular_intensity         
 
  label_shadow_mode              sphere_color               
 
  label_size                    sphere_mode                 
 
  legacy_mouse_zoom              sphere_point_max_size       
 
  legacy_vdw_radii              sphere_point_size           
 
  light                          sphere_quality             
 
  light2                        sphere_scale               
 
  light3                        sphere_solvent             
 
  light4                        sphere_transparency         
 
  light5                        spheroid_fill               
 
  light6                        spheroid_scale             
 
  light7                        spheroid_smooth             
 
  light8                        ss_helix_phi_exclude       
 
  light9                        ss_helix_phi_include       
 
  light_count                    ss_helix_phi_target         
 
  line_radius                    ss_helix_psi_exclude       
 
  line_smooth                    ss_helix_psi_include       
 
  line_stick_helper              ss_helix_psi_target         
 
  line_width                    ss_strand_phi_exclude       
 
  log_box_selections            ss_strand_phi_include       
 
  log_conformations              ss_strand_phi_target       
 
  logging                        ss_strand_psi_exclude       
 
  matrix_mode                    ss_strand_psi_include       
 
  max_threads                    ss_strand_psi_target       
 
  max_triangles                  state                       
 
  mesh_color                    static_singletons           
 
  mesh_lighting                  stereo                     
 
  mesh_mode                      stereo_angle               
 
  mesh_normals                  stereo_double_pump_mono     
 
  mesh_quality                  stereo_mode                 
 
  mesh_radius                    stereo_shift               
 
  mesh_solvent                  stick_ball                 
 
  mesh_type                      stick_ball_ratio           
 
  mesh_width                    stick_color                 
 
  min_mesh_spacing              stick_fixed_radius         
 
  mouse_limit                    stick_nub                   
 
  mouse_restart_movie_delay      stick_overlap               
 
  mouse_scale                    stick_quality               
 
  mouse_selection_mode          stick_radius               
 
  movie_delay                    stick_transparency         
 
  movie_loop                    stick_valence_scale         
 
  multiplex                      stop_on_exceptions         
 
  no_idle                        surface_best               
 
  nonbonded_size                surface_carve_cutoff       
 
  normal_workaround              surface_carve_selection     
 
  normalize_ccp4_maps            surface_carve_state         
 
  normalize_grd_maps            surface_circumscribe       
 
  normalize_o_maps              surface_clear_cutoff       
 
  nvidia_bugs                    surface_clear_selection     
 
  opaque_background              surface_clear_state         
 
  orthoscopic                    surface_color               
 
  overlay                        surface_debug               
 
  overlay_lines                  surface_miserable           
 
  pdb_conect_all                surface_mode               
 
  pdb_discrete_chains            surface_normal             
 
  pdb_echo_tags                  surface_optimize_subsets   
 
  pdb_hetatm_sort                surface_poor               
 
  pdb_honor_model_number        surface_proximity           
 
  pdb_insertions_go_first        surface_quality             
 
  pdb_insure_orthogonal          surface_ramp_above_mode     
 
  pdb_literal_names              surface_solvent             
 
  pdb_no_end_record              surface_trim_cutoff         
 
  pdb_reformat_names_mode        surface_trim_factor         
 
  pdb_retain_ids                surface_type               
 
  pdb_standard_order            suspend_updates             
 
  pdb_truncate_residue_name      swap_dsn6_bytes             
 
  pdb_unbond_cations            sweep_angle                 
 
  pdb_use_ter_records            sweep_mode                 
 
  pickable                      sweep_phase                 
 
  png_file_gamma                sweep_speed                 
 
  png_screen_gamma              test1                       
 
  power                          test2                       
 
  pqr_no_chain_id                text                       
 
  presentation                  texture_fonts               
 
  presentation_auto_quit        transparency               
 
  presentation_auto_start        transparency_mode           
 
  presentation_mode              transparency_picking_mode   
 
  preserve_chempy_ids            triangle_max_passes         
 
  pymol_space_max_blue          trim_dots                   
 
  pymol_space_max_green          two_sided_lighting         
 
  pymol_space_max_red            use_display_lists           
 
  pymol_space_min_factor        valence                     
 
  raise_exceptions              valence_default             
 
  rank_assisted_sorts            valence_size               
 
  ray_blend_blue                validate_object_names       
 
  ray_blend_colors              virtual_trackball           
 
  ray_blend_green                wildcard                   
 
  ray_blend_red                  wizard_prompt_mode         
 
  ray_color_ramps                wrap_output
 
  
 
[[Category:Settings|All Settings]]
 
[[Category:Settings|All Settings]]

Revision as of 16:54, 31 May 2006

These are all the PyMol settings. If you feel like documenting them, and what they do, feel free. 6 done, 494 to go !

 active_selections              ray_default_renderer         
 all_states                     ray_direct_shade             
 ambient                        ray_hint_camera              
 angle_label_position           ray_hint_shadow              
 angle_size                     ray_improve_shadows          
 animation                      ray_interior_color           
 animation_duration             ray_interior_mode            
 antialias                      ray_interior_reflect         
 async_builds                   ray_interior_shadows         
 atom_name_wildcard             ray_interior_texture         
 auto_classify_atoms            ray_legacy_lighting          
 auto_color                     ray_max_passes               
 auto_dss                       ray_opaque_background        
 auto_hide_selections           ray_orthoscopic              
 auto_indicate_flags            ray_oversample_cutoff        
 auto_number_selections         ray_pixel_scale              
 auto_remove_hydrogens          ray_shadow                   
 auto_sculpt                    ray_shadow_decay_factor      
 auto_show_lines                ray_shadow_decay_range       
 auto_show_nonbonded            ray_shadow_fudge             
 auto_show_selections           ray_shadows                  
 auto_show_spheres              ray_texture                  
 auto_zoom                      ray_texture_settings         
 backface_cull                  ray_trace_depth_factor       
 batch_prefix                   ray_trace_disco_factor       
 bg_rgb                         ray_trace_fog                
 bonding_vdw_cutoff             ray_trace_fog_start          
 button_mode                    ray_trace_frames             
 button_mode_name               ray_trace_gain               
 cache_display                  ray_trace_mode               
 cache_frames                   ray_trace_slope_factor       
 cache_memory                   ray_transparency_contrast    
 cartoon_color                  ray_transparency_shadows     
 cartoon_cylindrical_helices    ray_transparency_spec_cut    
 cartoon_debug                  ray_transparency_specular    
 cartoon_discrete_colors        ray_triangle_fudge           
 cartoon_dumbbell_length        reflect                      
 cartoon_dumbbell_radius        reflect_power                
 cartoon_dumbbell_width         retain_order                 
 cartoon_fancy_helices          ribbon_color                 
 cartoon_fancy_sheets           ribbon_nucleic_acid_mode     
 cartoon_flat_cycles            ribbon_power                 
 cartoon_flat_sheets            ribbon_power_b               
 cartoon_helix_radius           ribbon_radius                
 cartoon_highlight_color        ribbon_sampling              
 cartoon_ladder_color           ribbon_side_chain_helper     
 cartoon_ladder_mode            ribbon_smooth                
 cartoon_ladder_radius          ribbon_throw                 
 cartoon_loop_cap               ribbon_trace_atoms           
 cartoon_loop_quality           ribbon_width                 
 cartoon_loop_radius            robust_logs                  
 cartoon_nucleic_acid_color     rock_delay                   
 cartoon_nucleic_acid_mode      roving_byres                 
 cartoon_oval_length            roving_cartoon               
 cartoon_oval_quality           roving_delay                 
 cartoon_oval_width             roving_detail                
 cartoon_power                  roving_isomesh               
 cartoon_power_b                roving_isosurface            
 cartoon_putty_quality          roving_labels                
 cartoon_putty_radius           roving_lines                 
 cartoon_putty_range            roving_map1_level            
 cartoon_putty_scale_max        roving_map1_name             
 cartoon_putty_scale_min        roving_map2_level            
 cartoon_putty_scale_power      roving_map2_name             
 cartoon_rect_length            roving_map3_level            
 cartoon_rect_width             roving_map3_name             
 cartoon_refine                 roving_nb_spheres            
 cartoon_refine_normals         roving_nonbonded             
 cartoon_refine_tips            roving_origin                
 cartoon_ring_color             roving_origin_z              
 cartoon_ring_finder            roving_origin_z_cushion      
 cartoon_ring_mode              roving_polar_contacts        
 cartoon_ring_radius            roving_polar_cutoff          
 cartoon_ring_transparency      roving_ribbon                
 cartoon_ring_width             roving_selection             
 cartoon_round_helices          roving_spheres               
 cartoon_sampling               roving_sticks                
 cartoon_side_chain_helper      scene_animation              
 cartoon_smooth_cycles          scene_animation_duration     
 cartoon_smooth_first           scene_current_name           
 cartoon_smooth_last            scene_loop                   
 cartoon_smooth_loops           scene_restart_movie_delay    
 cartoon_throw                  scenes_changed               
 cartoon_trace_atoms            sculpt_angl_weight           
 cartoon_transparency           sculpt_auto_center           
 cartoon_tube_cap               sculpt_avd_excl              
 cartoon_tube_quality           sculpt_avd_gap               
 cartoon_tube_radius            sculpt_avd_range             
 cavity_cull                    sculpt_avd_weight            
 cgo_dot_radius                 sculpt_bond_weight           
 cgo_dot_width                  sculpt_field_mask            
 cgo_line_radius                sculpt_hb_overlap            
 cgo_line_width                 sculpt_hb_overlap_base       
 cgo_ray_width_scale            sculpt_line_weight           
 cgo_sphere_quality             sculpt_max_max               
 cgo_transparency               sculpt_max_min               
 clamp_colors                   sculpt_max_scale             
 connect_bonded                 sculpt_max_weight            
 connect_cutoff                 sculpt_memory                
 connect_mode                   sculpt_min_max               
 coulomb_cutoff                 sculpt_min_min               
 coulomb_dielectric             sculpt_min_scale             
 coulomb_units_factor           sculpt_min_weight            
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 dash_gap                       sculpt_plan_weight           
 dash_length                    sculpt_pyra_weight           
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 dihedral_label_position        sculpt_vdw_scale             
 dihedral_size                  sculpt_vdw_scale14           
 direct                         sculpt_vdw_vis_max           
 dist_counter                   sculpt_vdw_vis_mid           
 distance_exclusion             sculpt_vdw_vis_min           
 dot_color                      sculpt_vdw_vis_mode          
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 dot_radius                     security                     
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 legacy_vdw_radii               sphere_point_size            
 light                          sphere_quality               
 light2                         sphere_scale                 
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 light5                         spheroid_fill                
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 light8                         ss_helix_phi_exclude         
 light9                         ss_helix_phi_include         
 light_count                    ss_helix_phi_target          
 line_radius                    ss_helix_psi_exclude         
 line_smooth                    ss_helix_psi_include         
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 log_box_selections             ss_strand_phi_include        
 log_conformations              ss_strand_phi_target         
 logging                        ss_strand_psi_exclude        
 matrix_mode                    ss_strand_psi_include        
 max_threads                    ss_strand_psi_target         
 max_triangles                  state                        
 mesh_color                     static_singletons            
 mesh_lighting                  stereo                       
 mesh_mode                      stereo_angle                 
 mesh_normals                   stereo_double_pump_mono      
 mesh_quality                   stereo_mode                  
 mesh_radius                    stereo_shift                 
 mesh_solvent                   stick_ball                   
 mesh_type                      stick_ball_ratio             
 mesh_width                     stick_color                  
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 mouse_limit                    stick_nub                    
 mouse_restart_movie_delay      stick_overlap                
 mouse_scale                    stick_quality                
 mouse_selection_mode           stick_radius                 
 movie_delay                    stick_transparency           
 movie_loop                     stick_valence_scale          
 multiplex                      stop_on_exceptions           
 no_idle                        surface_best                 
 nonbonded_size                 surface_carve_cutoff         
 normal_workaround              surface_carve_selection      
 normalize_ccp4_maps            surface_carve_state          
 normalize_grd_maps             surface_circumscribe         
 normalize_o_maps               surface_clear_cutoff         
 nvidia_bugs                    surface_clear_selection      
 opaque_background              surface_clear_state          
 orthoscopic                    surface_color                
 overlay                        surface_debug                
 overlay_lines                  surface_miserable            
 pdb_conect_all                 surface_mode                 
 pdb_discrete_chains            surface_normal               
 pdb_echo_tags                  surface_optimize_subsets     
 pdb_hetatm_sort                surface_poor                 
 pdb_honor_model_number         surface_proximity            
 pdb_insertions_go_first        surface_quality              
 pdb_insure_orthogonal          surface_ramp_above_mode      
 pdb_literal_names              surface_solvent              
 pdb_no_end_record              surface_trim_cutoff          
 pdb_reformat_names_mode        surface_trim_factor          
 pdb_retain_ids                 surface_type                 
 pdb_standard_order             suspend_updates              
 pdb_truncate_residue_name      swap_dsn6_bytes              
 pdb_unbond_cations             sweep_angle                  
 pdb_use_ter_records            sweep_mode                   
 pickable                       sweep_phase                  
 png_file_gamma                 sweep_speed                  
 png_screen_gamma               test1                        
 power                          test2                        
 pqr_no_chain_id                text                         
 presentation                   texture_fonts                
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